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文献解读原名:Accumulation of soil microbial extracellular and cellular residues during forest rewilding: Implications for soil carbon stabilization in older plantations译名:人工林长期自然演化过程促进土壤微生物残留物碳的积累:老龄人工林土壤有机碳的固持作用期刊:Soil Biology and BiochemistryIF:9.7发表时间:2023.11第一作者:石 珂通讯作者:阮宏华教授01研究背景森林是全球最大的陆地碳库,其中三分之二的碳储存在土壤中,在全球碳循环过程和应对全球气候变化中发挥至关重要的作用。然而,自上世纪以来,天然林以前所未有的速度消失,现存的天然林迫切需要保护,这导致了人工林的建立和迅速扩张。目前,为了帮助人工林提供多种生态系统服务,提倡减少人为干预以鼓励人工林的自然演化。然而,不同土壤有机碳组分对全球气候变化和人工林自然演替的响应存在差异。微生物残留物作为土壤有机碳(Soil organic carbon, SOC)的重要成分,其是否会随着林分发育而增加,对土壤有机碳库的贡献又如何变化仍不清楚。02研究方法该项研究将微生物残留物分为胞外残留物和胞内残留物,以胞外聚合物(Extracellular...
发布时间: 2023 - 12 - 04
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发布时间: 2021 - 08 - 20
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原名:Absorptive and transport roots differ in terms of their impacts on rhizosphere soil carbon storage and stability in alpine forests译名:高寒森林吸收根和运输根差异化调控根际土壤碳储量和稳定性期刊:Soil Biology and BiochemistryIF: 7.609发表时间:2021.08.10第一作者:汪其同通讯作者:尹华军主要单位:中国科学院成都生物研究所摘要:根据木本植物细根形态、生理和功能特征的内在差异,可将其分为吸收根和运输根两个功能模块。不同功能模块的根系对土壤生物地球化学过程的潜在生态效应已被广泛认识。然而,由这两个根系功能模块驱动的根际土壤碳储量的大小以及碳稳定机制尚不清楚。在本研究中,我们量化了云杉人工林矿质层(0-15cm)吸收根和运输根根际土壤有机碳含量和组分,进一步通过数值模型估算了两个根系功能模块不同根际范围土壤C储量。同时,通过分析根际土壤有机碳化学特征和金属-有机复合体特征,区分两个根系功能模块对根际土壤有机碳稳定性的差异化影响。结果表明,吸收根根际土壤有机碳含量比运输根根际高15.7%,这主要是由于吸收根根际土壤有机碳的稳定性(化学抗性和金属-有机键)更强。数值模型分析表明,吸收根根际有机碳库(0.27 ~ 2.7 kg C/m2)是运输根根际(0.18 ~ 1.36 kg C/m2)的2倍。在根际1 mm范围,吸收根根际土壤有机碳储量对根际土壤有机碳总储量的贡献(63.5%)远高于运输根根际(36.5%)。上述结果表明,吸收根在高寒针叶林根际土壤碳中发挥主导作用。本研究强调基于功能的细根分类与根际土壤碳储量结合运用于陆地表面土壤碳循环模型中具有重要意义,可为准确预测高寒针叶林生态系统土壤碳动态提供科学依据。研究背景:土壤有机碳(SOC)的形成、稳定和周转等动态变化过程已经成为当前生态学和土壤学领域亟需解决的核心科学问题之一。根系在调控土壤碳动态中的重要作用已经得到广泛认可,并在很大程度上取决于根系功能属性特征。具体而言,作为一个高度复杂且功能异质的分支系统,根系生理代谢活性在吸收根和运输根之间具有明显差异,从而导致根际SOC固存和稳定性在不同根系功能模块间呈现出高度的异质性特征。但是,现有的根际模型和实验研究大多将根际区简单视为一个均一体,很少考虑根系生命活动诱导的根际土壤碳动态在根系功能属性分化上的变异,极大地限制了在细微尺度上对森林生态系统土壤碳固存和稳定性机制的全面认识与理...
作者: 植物所
发布时间: 2020 - 03 - 17
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高等植物的叶绿体是十亿年前蓝藻被真核生物吞噬后经内共生演化而来,共有3000个左右的蛋白,其中95%以上由核基因编码。核基因编码的叶绿体蛋白在细胞质中合成后,通过叶绿体内、外被膜和类囊体膜转运通道运输到叶绿体内的不同区域使叶绿体行使光合作用功能。因此,研究叶绿体蛋白跨膜运输方式对于探讨叶绿体的生物发生、光合器官的建成和功能以及真核生物的起源和进化等都具有重要意义。此前研究主要关注的是叶绿体被膜转运通道以及类囊体膜转运通道。然而,叶绿体蛋白在跨过叶绿体被膜之后,是如何穿过拥挤的基质空间,并精确地靶定到特异性的类囊体膜受体复合物的分子机制仍不清楚。中国科学院植物研究所张立新团队以模式植物拟南芥为材料,发现了位于叶绿体基质的关键性蛋白转运分选因子STT1与STT2,并揭示了其介导的分选、靶定机制。STT1与STT2形成寡聚体复合物特异d识别底物信号肽从而结合、分选底物,之后STT复合物与类囊体膜受体复合物Hcf106结合完成其靶定运输过程。阻碍STT-Hcf106结合会阻断Tat底物的运输,影响植物光合作用从而导致植物致死的表型。相分离作为近年来细胞生物学的一个热点受到了广泛的关注,而相分离对植物生理活动的调控依然不清楚。该研究通过大量的体内体外实验进一步揭示了相分离参与调控底物的分选、靶定机制:底物结合激活STT复合物进一步的组装相分离形成浓缩的液滴。STT-底物相分离液滴协助底物穿过叶绿体基质从而靶定到类囊体膜。而Hcf106能够抑制STT的相分离从而释放底物,完成底物的正确运输与装配。该研究首次发现了相分离(形成液滴)调控叶绿体蛋白的运输,从而调控叶绿体的生物发生。同时该研究通过分析细菌、酵母、高等植物与动物的分选因子,发现相分离可能是驱动蛋白分选运输的普遍机制。这是国际上首次提出相分离驱动叶绿体内蛋白分选的新机制,强调了相分离调控蛋白运输是在所有物种都存在的普遍机制,同时也开拓了相分离与蛋白运输的研究领域,为研究细胞是如何精确调控其各种生理活动拓展了思路。该研究成果于3月12日发表在国际学术期刊《细胞》(Cell)。
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发布时间: 2020 - 01 - 13
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11月29日,PLoS Genetics 在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所薛红卫研究组题为SPOC domain-containing protein Leaf inclination3 interacts with LIP1 to regulate rice leaf inclination through auxin signaling 的研究论文。该研究发现水稻中的一个含有SPOC结构域的蛋白Leaf inclination3 (LC3)通过结合转录因子LIP1共同调控生长素信号,从而调控水稻叶倾角。水稻是重要的单子叶模式植物,也是我国乃至世界上最主要的粮食作物之一。株型对作物的生产和产量有着重要关系,而叶倾角又是水稻株型的关键组分之一。研究表明,适当的叶倾角有利于提高水稻光合效率,通过合理密植,能够有效提高产量。尽管早已发现植物激素生长素影响叶倾角大小,且其代谢调控因子GH3和信号通路的关键组分IAA、ARF等被报道参与了叶倾角的调控,但对相关上游调控因子及机制仍了解较少,有待进一步阐明。研究组在前期工作中发现水稻缺失突变体LC3表现出叶倾角增大的表型。进一步的遗传学、细胞生物学等分析表明LC3蛋白作为一个转录抑制子通过与LC3互作的转录因子LIP1协同抑制下游基因OsIAA12和OsGH3.2表达,通过抑制生长素信号,最终调控水稻叶倾角。此外,OsIAA2通过与OsARF17互作抑制生长素信号,揭示了OsIAA2-OsARF17在叶倾角发育调控中的特定功能。该研究有助于对生长素信号调控网络的理解。也对研究植物中具有SPOC结构域的蛋白的功能提供了借鉴。值得一提的是,这是首次发现的仅含有SPOC结构域而不含RRM SPEN家族的成员。博士生陈素卉和周莉娟为论文第一作者。相关工作得到国家自然科学基金项目(91535201)以及“万人计划”的资助。(来源:中国科学院植物生理生态研究所) SPOC domain-containing protein Leaf inclination3 interacts with LIP1 to regulate rice leaf inclination through auxin signaling Abstract  Leaf angle is an important agronomic trait and influences crop architecture and yield. Studies have demonstr...
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发布时间: 2018 - 11 - 22
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土壤有机碳时空变异模拟研究取得进展        受限于土壤样点的时间维属性,一般的土壤制图只能获得固定时间的“静态”土壤图,描述目前或过去状态的格局。但是,土壤在不同土地利用条件下未来如何演变,在不同的气候变化情景下呈现怎样的时空变化特征?这是土壤时空变化预测的重要主题。中国科学院南京土壤研究所张甘霖课题组副研究员宋效东以土地利用变化频繁的太湖周边地区为例,深入研究了土壤有机碳含量空间变异的主导因素,提出了基于土壤发生理论的启发式元胞自动机模型,模拟土壤有机碳含量在土地利用与气候变化条件下未来60年内的时空变异特征。有别于常规的元胞自动机模型,该方法不仅能够有效集成影响土壤有机碳含量的静态/动态环境变量,还能够根据土地利用类型(旱地/水田)动态地度量有机碳富集对临近区域有机碳水平迁移的影响范围。鉴于土地利用类型的重要性,根据历史土地利用图层制作了研究区未来60年的土地利用变化图。模拟结果表明:研究区土壤表层有机碳含量在未来60年内随着气温、降雨的升高与城镇化进程的推进将呈现持续上升的趋势。研究提出的预测模型为土壤属性的时空变异模拟提供了新的解决方案与思路。该研究成果发表在Agriculture, Ecosystems and Environment上。研究得到国家重点研发计划(2017YFA0603002)、科技基础性工作专项(2008FY110600)、国家自然科学基金(41571130051和41771251)的资助。(来源:中国科学院南京土壤研究所) Heuristic cellular automaton model for simulating soil organic carbon under land use and climate change: A case study in eastern China Abstract  The concentration of soil organic carbon (SOC) is one of the most important soil properties, and its spatio-temporal variability greatly affects the global climate and agroecology. To investigate the effects of land use and climate change on SOC, a heuristic cellular automat...
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发布时间: 2018 - 11 - 19
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研究发现植物草酸代谢途径关键酶影响玉米营养品质            9月10日,The Plant Cell 在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所巫永睿研究组题为Maize Oxalyl-CoA Decarboxylase1 Degrades Oxalate and Affects the Seed Metabolome and Nutritional Quality 的研究论文。该研究克隆和功能解析了玉米草酸降解途径中的关键酶——草酰辅酶A脱羧酶,揭示了草酸代谢参与籽粒储藏物质积累和营养品质形成的分子机理。草酸是最简单的二元酸,在植物体内的含量非常高。草酸在调控金属胁迫、离子平衡和昆虫防御等方面起积极作用。然而,过量草酸不仅会影响植物自身发育,也会影响包括钙元素在内的多种矿物金属矿物元素的利用;人体从食物中摄入草酸过多会和钙形成草酸钙,诱发形成肾结石。有报道显示,植物体内存在草酸合成和降解途径,其中一条降解途径由四种酶共同作用,分别为草酰辅酶A合成酶、草酰辅酶A脱羧酶、甲酰辅酶A水解酶和甲酸脱氢酶。草酰辅酶A合成酶可以催化草酸形成草酰辅酶A,接着草酰辅酶A在脱羧酶的作用下形成甲酰辅酶A。草酰辅酶A合成酶在多种植物中均被发现,然而却未有草酰辅酶A脱羧酶的报道,在农作物玉米中,草酸的降解代谢途径还未知,草酸与玉米籽粒发育、营养物质存储和品质调控的关系也不清楚。在此项研究中,巫永睿研究组克隆了玉米草酰辅酶A脱羧酶(Oxalyl-CoA Decarboxylase1,OCD1)基因,该基因突变以后籽粒胚乳呈现出粉质的表型,同时籽粒的储存物质合成和粒重也发生下降。由于没有商业化的草酰辅酶A脱羧酶底物草酰辅酶A,研究人员尝试了多种方法,合成了较高纯度的草酰辅酶A。体外和体内的酶活实验证实草酰辅酶A脱羧酶可以降解草酰辅酶A产生甲酰辅酶A和二氧化碳。同时,研究人员还发现早先克隆的玉米经典高赖氨酸突变体基因opaque7(o7)编码草酰辅酶A合成酶,并证明O7可以催化草酸形成草酰辅酶A。另外,靶向和非靶向代谢组学分析发现,玉米草酰辅酶A基因突变后籽粒胚乳的能量代谢、糖类、氨基酸以及激素含量均受到显着影响。该项研究阐明了玉米草酸代谢的前两步反应,并揭示了草酸降解途径与籽粒胚乳发育、代谢和营养品质的关系,为将来遗传改良草酸含量较高的蔬菜(如菠菜)等提供了候选基因和分子机制。该工作主要由巫永睿研究组副研究员杨俊和博士生付苗苗合作完成。博士生冀晨、...
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