木质素是土壤有机碳的重要组成部分,具有芳香单元的三维立体结构, 化学稳定性高，未经分离或化学转化，现有的分析技术很难对其进行直接定量分析。分子标志物的方法是目前用于测定土壤木质素含量和组成较为普遍的方法，即用木质素酚类化合物的含量，对木质素的含量及有机质来源进行指示。
目前常用的处理方法是碱性氧化铜裂解出小分子单体，通过LC-DAD、LC-MS、GC-FID和GCMS测定。
香草基酚系列（V）：香草酸、香草醛、香草乙酮
丁香基酚系列（S）：丁香酸、丁香醛、乙酰丁香酮
肉桂基酚系列（C）：对-香豆酸、阿魏酸
对羟基酚系列（P）：对羟基苯甲酸、对羟基苯甲醛、对羟基苯乙酮
方法原理：
土壤样品中木质素通过碱性氧化铜在高温下水解成单环酚盐类，调节pH=1，用液液萃取提取出酚类单体，经双(三甲基硅烷基)三氟乙酰胺（BSTFA）衍生，用GCMS分离检测，以保留时间和质谱特征离子定性，内标法定量。
操作步骤：
称0.5-1.0g(精确至0.0001g)样品于反应釜，加1.0g氧化铜和0.1g硫酸亚铁铵，混匀。加10mL氢氧化钠（2mol/L)，氮气置换釜内空气15min，170 ℃ 水解3h，加40ug内标，转移，离心，固液分离，10mL超纯水分两次清洗沉淀，合并上清液。1+1盐酸调pH=1，暗处放置1h，离心，固液分离，0.1molL盐酸清洗沉淀两次，合并上清液。提取液加2g氯化钠，混匀，用30mL乙酸乙酯分3次萃取，收集合并有机相，过无水硫酸钠除水。40 ℃氮吹至干燥，加100uL吡啶和400uLBSTFA，70℃下反应3h，上机测定。
校正曲线：
取适量木质素酚标准使用液，加入到预先装有1mL乙酸乙酯的衍生瓶中，加40ug内标，配制成系列标准溶液，40 ℃下氮气吹干，衍生。
定性方法：
通过样品中目标物与标准系列中目标物的保留时间、质谱图，碎片离子质荷比及其丰度信息比较，对目标物进行定性。保留时间窗口为标准溶液中平均保留时间±3倍标准偏差，样品质谱图和标准系列中间点质谱图中定性离子相对丰度高于30%的，其相对丰度的偏差在±30%之内，小于10%的其偏差在±50%内，可以认为存在目标物。
定量方法：
内标法：以目标化合物和相对应内标的定量离子峰面积比值为纵坐标，浓度比为横坐标，用最小二乘法建立校准曲线。相关系数r≥0.990
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